Quatre exemples de cartes obtenues avec doolkit

Étudier la topographie dentaire

La dent est un élément fondamental en paléontologie - d'une part parce qu'elle se conserve mieux que la plupart des autres organes, et d'autre part parce que les dents permettent d'identifier précisément les espèces fossiles. De plus, la forme des dents est souvent associée au régime alimentaire des animaux : les crêtes d'émail tranchantes permettent de découper les feuilles ou la chair, tandis qu'un émail épais et des éléments arrondis seront mieux adaptés à broyer des graines ou des os.

La topographie dentaire est une discipline qui permet de mesurer la relation entre forme et fonction dentaire. Concrètement, on assimile la surface de la dent à un paysage. Le chercheur peut alors mesurer le relief, la complexité ou encore le tranchant des crêtes. Au début de ma thèse, il n'existait pas d'outil regroupant les métriques existantes : de ce constat est né doolkit.

Une librairie pour les utilisateurs de R

Co-développé avec Franck Guy (Chargé de recherche CNRS) et Vincent Lazzari (Maître de conférence) au sein du laboratoire Palevoprim (Université de Poitiers), doolkit est une librairie du logiciel R dédiée à la topographie dentaire. Ce projet a commencé pendant ma thèse, mais c'est seulement en 2019 que la première version a été acceptée sur le R archive network (CRAN). Je me suis chargé des tâches suivantes :

  • Développer des fonctions pour mesurer une trentaine de paramètres topographiques dentaires
  • Représentation graphique sous forme de profils cumulatifs et de cartes 3D dans des fenêtres OpenGL
  • Isolement et échantillonnage d'éléments dentaires à l'aide d'une approche nouvelle, inspirée de la théorie des graphes : les réseaux de polygones.
  • Implémentation de la librairie sous forme de fonctions, mise en forme pour le CRAN
  • Rédaction de la documentation
  • Soumission et maintenance de la librairie

Une interface pour les novices

La plupart des utilisateurs de R se sont avérés être des étudiants ou des chercheurs aux connaissances limitées en programmation. Afin de rendre les fonctions de doolkit accessibles, j'ai conçu une interface utilisateur à l'aide de la librairie shiny.

L'interface utilisateur de doolkit ( shiny_doolkit ) permet d'effectuer la plupart des taches implémentées dans la librairie en quelques clics. Il s'agit d'une interface réactive, c'est à dire que certaines options s'actualisent en fonction des choix de l'utilisateur. Aujourd'hui, cette interface est utilisée par des chercheurs en France, mais aussi en Espagne, en Finlande, au Royaume-Uni, au Japon et aux États-Unis.

Exemple d'utilisation de l'interface de doolkit